Nel caso in cui il GSE vanti un credito nei confronti dell'Operatore (ad esempio a seguito del calcolo del conguaglio di importo inferiore rispetto ad acconti già erogati) per recuperare quanto dovuto viene effettuata una compensazione sugli importi contabilizzati e disponibili relativi a tutti i contratti che l'Operatore ha con il GSE.

Se gli importi disponibili sono inferiori rispetto al credito vantato dal GSE, allora viene applicata una compensazione parziale.