Il GSE provvede a effettuare i pagamenti in acconto con cadenza mensile. Entro il giorno 25 del mese successivo a quello di competenza, il GSE rende disponibili all'Operatore, sul portale informatico, i dati inerenti alla valorizzazione in acconto dei corrispettivi relativi al meccanismo BIO-PMG.

Il termine di pagamento è fissato all'ultimo giorno lavorativo del mese successivo alla data di fatturazione da parte del Produttore (calendario dei giorni lavorativi sulla piazza di Roma). Tale termine è subordinato: 

a.al completamento da parte del Produttore delle informazioni di numero fattura nel preliminare di fattura reso disponibile dal GSE; 

b.alla ricezione della notifica di accettazione da parte del Sistema di Interscambio (SDI) della fattura emessa. Eventuali ritardi sui pagamenti dovuti a rifiuti e ritardi da parte di SDI non daranno luogo al riconoscimento degli interessi di mora; 

c.alla ricezione della liberatoria a seguito delle verifiche effettuate dal GSE come previsto dal D.M. 18 gennaio 2008 n. 4, concernente le modalità di attuazione dell'art. 48 bis DPR n. 602 del 1973.  

Il GSE, inoltre, nell'anno successivo a quello di competenza, acquisiti tutti i dati necessari al calcolo, eroga a conguaglio, la remunerazione spettante pari alla differenza, se positiva, tra i ricavi minimi garantiti e i ricavi convenzionali.