Per la gestione delle richieste di incentivo, il GSE applica un corrispettivo a copertura delle attività di verifica, controllo e gestione delle pratiche.

Il corrispettivo è pari all'1% dell'incentivo totale riconosciuto, fino a un massimo di 250 € (imponibile), oltre IVA se dovuta.

Non è necessario effettuare alcun pagamento. Il GSE emette la fattura e recupera automaticamente l'importo tramite compensazione dall'incentivo spettante al Soggetto Responsabile. In caso di incentivo erogato in più rate, la trattenuta viene effettuata sulla prima rata utile e, se necessario, sulle successive.

La relativa fattura viene emessa dal GSE e trasmessa tramite Sistema di Interscambio (SDI). Una copia è inoltre disponibile nel portale informatico dedicato.